NISA口座では、上場株式や株式投資信託等の配当金や売買益等は非課税となる一方で、これらの売買損失はないものとされます。したがって、特定口座や一般口座で保有する他の上場株式等の配当金や売買益等との損益通算はできません。

なお、損失の繰越控除（３年間）もできません。